分享一篇发表在Nature Methods上的文章，文章的题目为“scNanoSeq-CUT&Tag: a single-cell long-read CUT&Tag sequencing method for efficient chromatin modification profiling within individual cells”，通讯作者为来自北京大学的汤富酬教授，其研究方向是单细胞功能基因组学研究。
染色质修饰是决定基因组功能的基本表观遗传标记，但分析重复元件和复杂基因组区域的修饰仍然具有挑战性。基于此，作者开发了一种名为 scNanoSeq-CUT&Tag 的新型单细胞长读测序技术，用于高效地分析单细胞中的组蛋白标记和转录因子结合分布模式。scNanoSeq-CUT&Tag 是一种基于 CUT&Tag 技术的改进方法，它利用纳米孔测序平台进行单细胞染色质修饰的全基因组分析。主要步骤如下：首先将细胞与针对特定染色质修饰的抗体孵育，然后与结合抗体的Tn5 转座酶孵育，激活标记反应；随后将单个细胞分选到含有细胞裂解液的 96 孔板中，并使用独特的细胞条形码进行标记；最后进行 PCR 扩增，使用不同的条形码进行二次扩增，最终构建文库并测序。此技术与基于 NGS 的方法相比具有更高的信噪比和读长，能够更准确地检测染色质修饰，可以帮助区分不同细胞类型。利用长读长测序的优势，其能够有效地识别等位基因特异性染色质修饰，也可以检测染色质标记在邻近区域的共占用，为研究染色质相互作用提供了更深入的见解。此外，此技术可以检测复杂基因组区域（包括重复序列和“黑名单”区域）的染色质状态，映射小鼠精原细胞发育过程中的表观遗传状态变化。作者也将其用于检测 DNA 甲基化处理后人类 K562 细胞中重复序列的 H3K27ac 修饰变化，揭示了 DNA 甲基化在维持这些重复序列沉默中的重要作用。总而言之，scNanoSeq-CUT&Tag 是一种革命性的技术，为研究单个细胞中的染色质修饰提供了新的可能性，并有望推动表观遗传学研究的进一步发展。原文链接：https://doi.org/10.1038/s41592-024-02453-w原文引用：DOI：10.1038/s41592-024-02453-w
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