分享一篇发表在Nature Chemistry上的文章“Multi-tiered chemical proteomic maps of tryptoline acrylamide–protein interactions in cancer cells”，通讯作者是Sripps研究所的Benjamin Cravatt和Bruno Melillo两位教授，以及Cravatt组的博士后Evert Njomen。在这篇文章中，作者通过结合蛋白质导向的ABPP与半胱氨酸导向的ABPP对癌细胞中Tryptoline丙烯酰胺立体探针的靶标图谱进行了解析。
对亲电小分子-蛋白质相互作用的大规模研究通常利用基于活性的蛋白质组分析（ABPP）技术，通过与广泛反应性探针的竞争，确定与亲电小分子反应的亲核残基。例如使用碘乙酰胺（IA）探针对靶向半胱氨酸残基的共价配体进行靶标鉴定。然而由于质谱检测等方面的限制，这种半胱氨酸导向的ABPP可能无法完全覆盖所有可靶向半胱氨酸。因此作者提出了一种多层化学蛋白质组学策略，通过蛋白质导向的ABPP与半胱氨酸导向的ABPP结合，从而更全面地鉴定共价配体的靶标图谱。 作者首先合成了5组炔基功能化的Tryptoline丙烯酰胺立体探针和2组不含有炔基的竞争立体探针，每组由4种立体异构体组成。然后通过gel-ABPP确定了炔基立体探针在癌细胞中具有立体选择性的蛋白质组反应性。随后作者利用竞争性蛋白质导向的ABPP进行了立体探针-蛋白质相互作用的分析。基于对映异构体的选择性富集和不含炔基的竞争立体探针对这种富集的阻断判断出对靶标蛋白的立体选择性配体。通过这种方式，作者在Ramos和22Rv1细胞中共鉴定到271个蛋白质具有对应的立体选择性配体。 然后作者利用碘乙酰胺-脱硫生物素（IA-DTB）探针对5组炔基立体探针和2组不含炔基的竞争立体探针进行竞争性半胱氨酸导向的ABPP实验。结果中可以鉴定到217个蛋白质上的238个半胱氨酸具有对应的立体选择性配体。与蛋白质导向的ABPP结果整合可以发现，两种ABPP平台可以一定程度上作为互补的方法发现更多的立体探针-蛋白质相互作用。 最后，作者对ABPP平台鉴定到的几组立体探针-蛋白质相互作用进行了表征。验证了立体探针会立体选择性靶向蛋白质上特定的半胱氨酸残基，并对蛋白质的酶活或蛋白-蛋白相互作用产生影响。 总的来说，这篇文章中作者整合了蛋白质导向和半胱氨酸导向的ABPP平台，对Tryptoline丙烯酰胺立体探针的靶标图谱进行了更全面的分析。原文链接：https://www.nature.com/articles/s41557-024-01601-1文章引用：10.1038/s41557-024-01601-1
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