J. Am. Chem. Soc. | 基于化学蛋白质组学揭示亚精胺的蛋白靶点以及小分子类似物

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分享一篇发表在JACS上的文章,题目为Chemoproteomic Identification of Spermidine-Binding Proteins and Antitumor-Immunity Activators。本文通讯作者为京都大学的Kenji Chamoto教授与Motonari Uesugi教授。Kenji Chamoto课题组致力于研究免疫与肿瘤治疗,Motonari Uesugi课题组则致力于发展具有重要生理功能的活性小分子。


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癌症免疫疗法,尤其是程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)阻断免疫疗法,由于T细胞免疫功能受损而在老年患者中难以奏效。在此前研究中,作者发现亚精胺(Spermidine),作为一种随着衰老而减少的生物多胺,通过直接结合和激活羟基辅酶A(CoA)脱氢酶亚基α(HADHA),能够增强脂肪酸氧化(FAO)过程,进而提高线粒体活性和T细胞的杀伤能力,最终改善PD-1疗法对老年小鼠的疗效。
但由于亚精胺除了激活FAO之外还有多方面的调控作用,且生物稳定性较差,因此难以进一步开发为治疗用试剂在本文中,作者报告了一种基于亚精胺的生物正交探针,用其分析亚精胺结合蛋白,以及筛选线粒体脂肪酸氧化的小分子增强剂
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在探针设计上,研究人员参考此前SAR的知识,选择在亚精胺的四碳端进行衍生化改造。首先,作者设计了进引入炔基的探针1,用其排除了共价调节蛋白功能的可能性;随后,作者进一步引入双吖丙啶基团,得到探针2,并利用光交联捕捉亚精胺的非共价相互作用蛋白。探针2能够产生浓度依赖性的标记,并且与天然的亚精胺之间有明显竞争作用。对已知靶点HADHA,探针2也能够产生明显的富集效果。
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接下来,作者使用32个亚精胺类似物小分子分别与探针2进行竞争,通过比较竞争前后对HADHA 的富集水平变化,最终发现化合物13,又被命名为spermimic,在10 μM时即可产生明显竞争,比天然亚精胺的有效竞争浓度降低了10倍以上。与天然亚精胺一致,该化合物也能够激活HADHA。
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作者使用探针2系统鉴定天然亚精胺以及spermimic的结合蛋白。结果表明,两者均有~140种互作蛋白,其中有121种相同蛋白。GO分析表明上述互作蛋白富集于线粒体、细胞核中。选择选取5个spermimic互作蛋白,并通过探针2竞争标记的策略对相互作用实现了验证。
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通过测量耗氧率(OCR),作者评估了spermimic对CD8+ T细胞的影响。与亚精胺相似,spermimic增强了备用呼吸能力(SRC),表明其保留了亚精胺增强线粒体生物能的能力。此外,在使用PD-L1 mAb治疗的携带MC38癌细胞幼鼠模型中,亚精胺与spermimic均可增强抗肿瘤活性。为期九周的实验表明,与对照组小鼠相比,使用亚精胺/spermimic治疗的小鼠均有显著提高的存活率。
综上所述,本文通过发展亚精胺的生物正交探针,对亚精胺的蛋白靶点进行了系统鉴定,同时寻找到具有更高成药前景的小分子spermimic。
本文作者:TZS
责任编辑:ZJ
原文链接:https://doi.org/10.1021/jacs.3c14615
文章引用:10.1021/jacs.3c14615




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