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澳大利亚蒙纳士大学药学院Flynn课题组报道了利用炔烃活化在多样性导向合成中组装稠环芳烃骨架,并以此为基础,构建了一个偏向多聚核苷酸的小分子化合物库。该研究组目前正致力于研究稠环芳烃骨架与多聚核苷酸的相互结合作用,并进一步丰富化合物库,以进行靶点鉴定和表型筛选。
多聚核苷酸(DNA 和 RNA(mRNA 和非编码 RNA)与分子通路密切相关。小分子与多聚核苷酸的相互结合作用可以改变功能性多聚核苷酸的拓扑结构以及它们与蛋白质的相互作用。当前的化合物库设计(先导化合物库或片段库)因为基于蛋白质与配体的相互结合作用,通常侧重于结合域的三维空间结构,并会策略性筛除掉富含π 电子的稠环芳烃化合物以避免产生与多聚核苷酸相关的脱靶效应。与 π,π-相互作用较弱的靶点蛋白质相比,多聚核苷酸作为靶点可以与合适的富含 π 电子的小分子配体形成较强的 π,π-相互作用。 基于上述考虑,为了设计一个偏向多聚核苷酸的小分子化合物库,蒙纳士大学药学院Flynn课题组开发了一种针对稠环芳烃骨架的发散性合成方法。初筛后,可以形成相对稳定的多聚核苷酸-配体-蛋白质三元复合物的活性化合物可以通过策略性地加入取代基(R-基团)来增加蛋白质-配体相互作用。 在本文中作者以I型拓扑异构酶(TOP1)为例子,建立了一种全新的 TOP1 抑制性化学型。这一示例证明了该化合物库的构建对于开展多聚核苷酸和小分子药物之间相互作用的化学生物学研究并对拓展其在药物治疗领域中的应用具有潜在的意义。 论文信息 Alkyne Activation in the Diversity Oriented Synthesis of sp2-Rich Scaffolds: A Biased Library Approach for Targeting Polynucleotides (DNA/RNA) Shuqi Chen, Daniel L. Priebbenow, Julie Somkhit, Carmen V. Scullino, Keli Agama, Yves Pommier, Bernard Luke Flynn Chemistry – A European Journal

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